高质量染色体水平瓜头鲸基因组组装

High-quality chromosome-level genome assembly of the melon-headed whale (Peponocephala electra)

摘要: 瓜头鲸是海豚科（Delphinidae）中的一种小体型齿鲸，广泛分布于热带和亚热带海域。瓜头鲸是研究哺乳动物次生性水生适应以及进化的一个极好的模型。在该研究中，我们采用PacBio以及Hi-C测序技术，成功组装了一个高质量的瓜头鲸染色体级别基因组。该瓜头鲸基因组大小约为2.29 Gb，scaffold N50和contig N50的长度分别为82.36 Mb和102.72 Mb，其中大约有96.93%的基因组序列被锚定到22条伪染色体上。基因组组装完整度评估显示其BUSCO值为96.60%。基因组注释共鉴定到21 492个蛋白编码基因，其中约87.61%被成功注释为具有假定的生物学功能。重复元件在基因组中的所占比例为43.12%，其中以长散布元件（LINEs）反转录转座子（25.10%）为主。系统发育分析表明瓜头鲸与长鳍领航鲸的分化时间大约为3.54–6.10个百万年左右。此外，我们还鉴定了瓜头鲸基因组中特有的基因家族和正选择基因，这些基因或基因家族可能与瓜头鲸头骨、大脑以及神经系统发育等过程有关。因此，高质量染色体水平的瓜头鲸参考基因组为今后的鲸类生物学以及进化研究提供了宝贵的基因组资源。