基因组揭示日本蟳的干露适应机制和性别决定区
Charybdis japonica genome provides insights into desiccation adaptation and sex-determining region
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摘要: 日本蟳主要栖息在潮间带及潮下带,具有较强的干露耐受能力。该研究测序了第一个染色体水平的日本蟳基因组,基因组包含51条假染色体,修正后的基因组长度为1 431.02 Mb,基因组scaffold的N50长度为29.67 Mb。同时,该研究在日本蟳基因组中共鉴定出824.02 Mb的重复序列、30900个编码基因、474个miRNAs、15 570个tRNAs、309个RNAs和157个snRNAs。全基因组重测序数据有助于鉴定日本蟳性别相关的单核苷酸多态性和插入-缺失突变,结果表明,第37号染色体的0–1 0120 000 bp是日本蟳的性别决定区。比较基因组学共鉴定出832个日本蟳特异的基因家族,基于单拷贝同源基因的系统发育分析表明,日本蟳与同属于梭子蟹科的三疣梭子蟹亲缘关系较近。与其他甲壳动物物种相比,日本蟳代谢、氧供应、氧化胁迫和转运相关的基因都发生了扩展或正选择,这可能有助于日本蟳克服干旱环境的各种胁迫。日本蟳基因组的破译为揭示梭子蟹科蟹类的干露适应机制和性别决定机制提供了有价值的信息,也为探索梭子蟹科其他蟹类的进化历史和环境适应策略奠定了遗传学基础。