褐斑鲬染色体水平基因组组装为鲬科鱼类底栖适应提供见解
Chromosome-scale genome assembly of brown-spotted flathead Platycephalus sp.1 provides insights into demersal adaptation in flathead fish
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摘要: 鲬科鱼类是印度-西太平洋特有的海洋鱼类,独特的生物学特征(如变态发育和伪装)及较高的经济价值使其成为研究海洋底栖适应和进化的理想物种。褐斑鲬(Platycephalus sp.1)为西北太平洋海域分布最广泛的鲬科鱼类。尽管缺乏有效学名,褐斑鲬早已成为中、日、韩等国海洋渔业重要的渔获种类。该研究利用PacBio、Illumina和Hi-C测序技术组装了褐斑鲬染色体水平基因组序列。组装的基因组大小为660.63 Mb,其Scaffold N50 为28.65 Mb,同时所有contigs均锚定到24条染色体上。基因组内共预测到22 743个蛋白质编码基因,其中功能注释的基因占94.8%。系统发育分析结果表明褐斑鲬与三刺鱼的分化时间大约在88.4百万年前。扩张的基因家族主要在免疫、生物合成和代谢通路显著富集。此外,我们还识别出褐斑鲬和比目鱼间共有的3个GO功能集和377个正选择基因,这些共有基因可能与褐斑鲬底栖适应有关。组装的褐斑鲬基因组数据可为后续鲬科鱼类生物适应进化研究提供宝贵的分子遗传学资源。