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Chromosomal level assembly and population sequencing of the Chinese tree shrew genome

Yu Fan Mao-Sen Ye Jin-Yan Zhang Ling Xu Dan-Dan Yu Tian-Le Gu Yu-Lin Yao Jia-Qi Chen Long-Bao Lv Ping Zheng Dong-Dong Wu Guo-Jie Zhang Yong-Gang Yao

Yu Fan, Mao-Sen Ye, Jin-Yan Zhang, Ling Xu, Dan-Dan Yu, Tian-Le Gu, Yu-Lin Yao, Jia-Qi Chen, Long-Bao Lv, Ping Zheng, Dong-Dong Wu, Guo-Jie Zhang, Yong-Gang Yao. Chromosomal level assembly and population sequencing of the Chinese tree shrew genome. Zoological Research, 2019, 40(6): 506-521. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2019.063
Citation: Yu Fan, Mao-Sen Ye, Jin-Yan Zhang, Ling Xu, Dan-Dan Yu, Tian-Le Gu, Yu-Lin Yao, Jia-Qi Chen, Long-Bao Lv, Ping Zheng, Dong-Dong Wu, Guo-Jie Zhang, Yong-Gang Yao. Chromosomal level assembly and population sequencing of the Chinese tree shrew genome. Zoological Research, 2019, 40(6): 506-521. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2019.063

树鼩染色体水平参考基因组组装及重测序

doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2019.063

Chromosomal level assembly and population sequencing of the Chinese tree shrew genome

Funds: the National Natural Science Foundation of China(U1402224);Yunnan Province(2015HA038 and 2018FB054);Chinese Academy of Sciences(CAS zsys-02)
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    Corresponding author: Yong-Gang Yao
  • 摘要: 树鼩(Tupaia belangeri chinensis)是一种与灵长类亲缘关系较近的小型哺乳动物,作为实验动物研究引起了广泛的关注。对树鼩基因组高精度的测序及组装,对全面获取遗传特性和了解其生物学特征很有必要。在本研究中,我们使用单分子实时测序技术(Single molecular real-time,SMRT)以及高通量染色质构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture,Hi-C),完成了新版树鼩基因组(KIZ version 2: TS_2.0)测序,获得高质量染色体水平的参考基因组。新版基因组解决了现存树鼩基因组中存在的问题,并能更加准确地识别基因组上复杂的重复序列、基因结构及物种特异性基因组结构变异。此外,我们对6只野生树鼩进行了全基因组重测序,获得基因组水平上约1280万个单核苷酸变异信息,其中主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)及免疫球蛋白基因(Immunoglobulin)家族所在区域在基因组上具有较高的核苷酸多样性。基于上述数据,我们更新了树鼩基因组数据库(TreeshrewDB v2.0: http://www. treeshrewdb.org),发布了新版基因组的注释信息以及遗传变异数据。高质量的树鼩基因组及更新的树鼩基因组数据库将为树鼩应用于各个领域的研究提供相关基础。
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出版历程
  • 收稿日期:  2019-07-12
  • 录用日期:  2019-08-15
  • 刊出日期:  2019-08-15

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