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宫政, 朱军伟, 李翠萍, 降帅, 马利娜, 唐碧霞, 邹东, 陈梅丽, 孙玉斌, 宋述慧, 章张, 肖景发, 薛勇彪, 鲍一明, 杜政霖, 赵文明. 2020: 国家基因组科学数据中心提供冠状病毒在线分析平台. 动物学研究, 41(6): 705-708. DOI: 10.24272/j.issn.2095-8137.2020.065
引用本文: 宫政, 朱军伟, 李翠萍, 降帅, 马利娜, 唐碧霞, 邹东, 陈梅丽, 孙玉斌, 宋述慧, 章张, 肖景发, 薛勇彪, 鲍一明, 杜政霖, 赵文明. 2020: 国家基因组科学数据中心提供冠状病毒在线分析平台. 动物学研究, 41(6): 705-708. DOI: 10.24272/j.issn.2095-8137.2020.065
Zheng Gong, Jun-Wei Zhu, Cui-Ping Li, Shuai Jiang, Li-Na Ma, Bi-Xia Tang, Dong Zou, Mei-Li Chen, Yu-Bin Sun, Shu-Hui Song, Zhang Zhang, Jing-Fa Xiao, Yong-Biao Xue, Yi-Ming Bao, Zheng-Lin Du, Wen-Ming Zhao. 2020: An online coronavirus analysis platform from the National Genomics Data Center. Zoological Research, 41(6): 705-708. DOI: 10.24272/j.issn.2095-8137.2020.065
Citation: Zheng Gong, Jun-Wei Zhu, Cui-Ping Li, Shuai Jiang, Li-Na Ma, Bi-Xia Tang, Dong Zou, Mei-Li Chen, Yu-Bin Sun, Shu-Hui Song, Zhang Zhang, Jing-Fa Xiao, Yong-Biao Xue, Yi-Ming Bao, Zheng-Lin Du, Wen-Ming Zhao. 2020: An online coronavirus analysis platform from the National Genomics Data Center. Zoological Research, 41(6): 705-708. DOI: 10.24272/j.issn.2095-8137.2020.065

国家基因组科学数据中心提供冠状病毒在线分析平台

An online coronavirus analysis platform from the National Genomics Data Center

  • 摘要: 自2019年12月新型冠状病毒(SARS-COV-2)爆发以来,新冠肺炎疫情已扩散至全球大部分国家和地区。随着世界各国对新冠病毒检测和研究工作的开展,冠状病毒基因组序列和测序数据以前所未有的速度产出和积累。为了给科研人员提供高效、便捷、免费的新冠病毒基因组数据分析服务,以满足快速增长的新冠病毒基因组数据分析需求,国家生物信息中心(CNCB)/国家基因组科学数据中心(NGDC)建立了冠状病毒在线分析平台(https://bigd.big.ac.cn/ncov/online/tools),用户无需注册或登录便可直接使用。该平台由基因组拼接、BLAST比对、基因组注释、变异鉴定和变异注释五个模块组成。其中,基因组拼接模块可用于组装二代测序数据;BLAST比对模块可提供与SARS-CoV-2参考基因组、2019 新型冠状病毒信息库(2019nCoVR)、冠状病毒基因组数据库的序列比较;基因组注释模块可识别病毒编码序列和蛋白质序列,并生成GenBank格式注释文件;变异鉴定模块可分别从完整基因组序列或长片段、二代高通量测序数据中检测变异位点;变异注释模块可以分析变异位点所在基因、密码子和氨基酸的改变,评估对基因功能影响的程度。下一步,我们将广泛收集研究人员的分析需求和建议,集成更多专业化的冠状病毒数据分析工具,不断优化分析流程和运行参数,为研究人员提供持续稳定、方便易用的数据分析服务。

     

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